언론사의 방송사 운영이 국가로부터 승인받게 되면서 2011년 12월 MBN(매일경제), JTBC(중앙), CSTV(조선), 채널A(동아)의 종합편성채널이 개국했다. 종합편성채널이란 뉴스, 드라마, 교양, 오락, 스포츠 등 모든 장르를 편성하여 방송할 수 있는 채널을 말하며 모든 장르를 편성한다는 점에서 KBS, MBC, SBS와 같은 지상파 방송과 차이점이 없으나 케이블 티비나 위성 티비를 통해서만 송출되기 때문에 가입한 사람만 시청할 수 있다.
개국한 방송사 모두 보수 거대 언론사라는 점에서 전문가와 국민들의 많은 우려를 샀다. 하지만 새로운 매체의 생성으로 인해 시청자가 다양한 프로그램을 수혜할 수 있다는 점과 지상파가 독점하던 프로스포츠의 중계권을 나눠받아 독점으로 인해 생기는 문제를 개선할 수 있다는 점에서 주목받았다. 그러나 개국한 지 얼마 되지 않아 많은 이들의 우려가 현실로 나타났다. 종편 출범 당시 방송기자재를 구입하고 인재를 영입하기 위해 만든 시드머니가 각 채널별로 5천 억 원 정도이며, 종편 하나를 유지하기 위해 들어가는 돈이 연간 2천 억 원 정도다. 고액의 자본이 없는 영세신문사나 지방신문사들은 언론사와 방송사 동시 운영이 어려웠고 매일경제, 중앙일보, 조선일보, 동아일보라는 거대 보수 언론사만이 종편을 개국했다.
결국 프로그램은 언론사의 논조를 따라갔다. 채널A의 시사토크 <박종진의 쾌도난마>를 예로 들어보자. 쾌도난마는 방송통신심의위원회에게 수차례 경고, 주의를 받았는데도 선정성, 편파보도 시비가 끊이지 않는다. <쾌도난마>에 출연한 윤창중씨는 “안철수 책을 보면 젖비린내가 난다”라고 발언한 적이 있다. 심의에 걸린 대상을 종합편성채널 전체로 확대하면 17건으로 지상파 방송 2건에 비해 월등히 많다. 얼마전 있었던 종편 재승인 심사에서 심사위원회는 평가 소견에서 TV조선에게 “보수 편향 출연자가 많다”는 지적을 제기했고, 채널A는 “출연자 섭외가 편향적이고, 인신공격과 막말 등 방송의 품위를 떨어뜨리는 언어를 사용”했다고 지적했다.
프로그램의 성향 뿐만이 아니다. 언론사들은 방송제작비를 줄이기 위해 소모 비용이 비교적 적은 보도, 시사 위주로 편성했다. 방통위의 자료에 따르면 승인 심사 전 TV조선의 편성계획 중 보도프로그램 비중은 38%이었으나 재승인 이후 41.8%로 늘었고 18.1%였던 JTBC도 23.5%로 상향, 채널A는 33.1%에서 31.8로 극히 미미한 축소를 보였다. 
위 문제를 아직까지 해결하지 못했음에도 불구하고 4개 종편은 모두 재승인을 받았다. 공개되지 않은 심사위원들의 채점표와 하향조정 된 재승인 기준은 심사에 있어 불공정함이 있었다고 볼 수 밖에 없다. 이 같은 이유 때문에 여론은 종편에 대해 싸늘한 태도를 유지하고 있다. 심사기준에 따르면 모두 재승인 될 수 없다는 것이 여론의 주장이다.
종편은 심각한 편파 방송과 프로그램 편성의 획일성을 유지하고 있지만 정부는 그들에게 방송프로그램 제작 지원금이라는 명목으로 국민의 세금을 일부 나눠준다. 문제 개선 여지가 없다는 점에서 정부 지원금은 밑 빠진 독에 물붓기와 다름 없다.

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